今天是生信星球陪你的第天
大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~
就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~
这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我!
豆豆写于.2.23
今天接到一个求助,让我帮忙分析可变剪切。无奈这个名词听得多,用得少。但不能怂,学起来。于是用了半天时间搜集整理各种资料,6种方法汇集成一篇,思路也逐渐清晰起来…
介绍概念介绍可变剪接(Alternativesplicing)是基因表达的一种调节方式。真核细胞的基因序列中,包含了内含子与外显子,两者交互穿插。一般来说,内含子在基因转录成mRNA前体后会被RNA剪接体移除,剩下的外显子才是能够存在于成熟mRNA(之后再进一步转译成蛋白质)的片段。一条未经剪接的RNA,含有的多种外显子被剪成的不同组合,可转译出不同的蛋白质。这样保证了:同一基因中的外显子以不同形式进行组合,使一个基因在不同时间、不同环境中能够制造出不同的蛋白质,增加生理状况下系统的复杂性或适应性。
resultforalternativesplicing其他解释:
1:有些基因的一个mRNA前体通过不同的剪接方式(选择不同的剪接位点)产生不同的mRNA剪接异构体(isoform),这一过程称为可变剪接(或选择性剪接,alternativesplicing)
2:转录组一般是指从细胞或组织的基因组所转录出来的RNA的总和,包括编码蛋白质的mRNA和各种非编码RNA(rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA,lncRNA,microRNA等)。真核生物的基因结构是不连续的。基因组最初的转录产物其实并不是成熟的mRNA分子,而是它的前体pre-mRNA,那么怎么变成成熟的mRNA呢?
就需要从pre-mRNA中将非编码蛋白质的内含子(intron)切除,然后拼接剩下的编码蛋白质的外显子(exon)。但实际上,在这个过程中,有多种多样的前切和拼接方式,从而产生不同的剪切异构体,即可变剪切事件。
真核生物的基因结构是不连续的施一公在未来科学大奖颁奖典礼发表主题演讲:剪接过程如此之复杂,你需要七个不同的剪接体,准确的识别内含子,把外显子拼在一起,这个过程很容易出错。目前人类35%的遗传疾病或由RNA选择性剪接导致,比如视网膜色素变性、脊髓性肌肉萎缩症等。目前已有针对剪接体的药物被美国食品药品检验局批准上市,价格昂贵但非常有效